Le roi craignait les succès du Balafré et il se défiait de son frère, le duc d'Alençon. Il accorda la paix aux protestants. Les conditions en furent si avantageuses pour ceux-ci que les catholiques s'alarmèrent. Partout se formèrent des associations pour la défense de la foi catholique. Des bourgeois, des nobles une grande parte de clergé y entrèrent. Ces associations se fondirent en une seule qui prit le nom de Sainte Ligue. Henri de Guise, le Balafré était le personnage vers lequel se tournaient les espérances de tous les ligueurs. Le roi, qui n'avait pu empêcher la ligue de se former, s'en déclara le chef, mais personne ne le reconnut en cette qualité. La royauté fut alors sérieusement menacée. Dans les villes renaissait le souvenir des vieilles libertés municipales. Les nobles voulaient ramener le royaume au temps de l'anarchie féodale. Le roi d'Espagne offrit son alliance aux ligueurs: il était heureux de trouver l'occasion d'intervenir dans nos troubles. Cependant les protestants, qui se sentent menacés, commencent les hostilités. Deux guerres nouvelles éclatent, suivies de pacifications éphémères de 1577 à 1580, et la ligue s'étend toujours. Le duc d'Alençon étant mort en 1584, une grande émotion s'empare des catholiques, car Henri III n'ayant pas d'enfants, l'héritier présomptif du trône est désormais Henri de Navarre, un protestant. Guise entreprend alors des accords avec le roi d'Espagne, de faire reconnaître comme héritier du trône le cardinal de Bourbon, au détriment Henri de Navarre. Les chefs ligueurs soulèvent les provinces. En même temps Henri de Navarre cherche un appui auprès d'Elisabeth d'Angleterre, et fait venir des troupes d'Allemagne. Henri III est alors obligé de se jeter dans le parti de la ligue et la huitième guerre commence, mais une armée commandée par un de ses favoris est écrasée à Coutras. Guise au contraire bat en deux rencontres les troupes protestantes. Le roi, inquiet de ce succès d'un homme qui devient un rival, interdit à Guise de venir à Paris. Guise y vient: il est reçu comme un triomphateur. Le roi ayant fait rentrer des troupes dans la ville, les habitants se soulèvent et font des barricades. Guise apaise l'émeute, mais Henri III quitte le Louvre précipitamment. Le roi avait donc contre lui la ligue et les protestants, il fit semblant de se réconcilier avec les ligueurs. Il consentit à nommer Guise lieutenant général, et à convoquer les états généraux à Blois. Guise y parut en maître: Henri III, digne fils de Catherine de Médicis, le fit assassiner en 1588. A cette nouvelle, une insurrection formidable éclate dans Paris. Le roi vient assiéger la ville, après s'être réconcilié avec son cousin, Henri de Navarre, dont il reconnaît le droit au trône. Pendant le siège, un moine tue le roi de France d'un coup de poignard en 1589.