Philippe le Bel prit sa revanche à Mons-en-Puelle en 1304, mais il ne garda pourtant que la partie de la Flandre ou l'on parlait le Français, et il rendit une partie de l'Aquitaine au roi d'Angleterre. Un des plus grands événements du règne de Philippe le Bel fut sa lutte contre la Papauté. Au moyen âge, les Papes ne se contentaient pas de gouverner l'église; ils prétendaient que le pouvoir temporel, c'est-à-dire le pouvoir des rois, devait être soumis au pouvoir spirituel, c'est-à-dire à celui des Papes. Ils s'attribuaient le droit de juger et déposer les rois. D'autre part, les Papes percevaient des revenus sur les fiefs ecclésiastique et ils avaient partout des collecteurs chargés de lever cet argent. Lorsque les rois devinrent plus puissants, ils voulurent être seuls maîtres dans leurs royaumes: alors commença la lutte entre l'église et les rois. Comme la royauté Française fut forte avant les autre, c'est elle qui, la première, réussit dans cette lutte. Philippe le Bel mit des impôts sur l'église: le Pape Boniface VIII défendit de les payer. Boniface créa un évêché en France pour un de ses légats, qui se mit en hostilité contre le roi: Philippe fit arrêter le légat. Aussitôt le Pape lance une bulle menaçante; le roi la fait brûler. Philippe le Bel emploie même la perfidie: pour exciter l'opinion publique contre le Pape, il publie des copies falsifiées de cette bulle, ou il prêtait au Pape des paroles odieuses. Le roi voulant avoir l'appui de la nation, convoque en 1302 les barons, les prélats et les députés des Communes. Ce furent les premiers Etats Généraux, ainsi nommés parce que les trois états, l'état de noblesse, l'état de clergé, l'état de bourgeoisie y étaient rassemblés. La bourgeoisie s'appelait aussi troisième état ou tiers état. Les Etats Généraux donnèrent raison au roi. Le Pape réunit à Rome un concile, ou il renouvela se déclarations sur les droits de la papauté; il menaça Philippe de l'excommunier, même de le déposer. Philippe envoya un de ses légistes, Nogaret, et une armée arrêter le Pape dans Anagni, près de Rome. Nogaret abreuva Boniface d'humiliations, mais il n'obtint rien de l'énergique vieillard, qui mourut peu de jours après avoir reçu cet affront. Benoît XI, qui succéda à Boniface VIII, mourut après sept mois de pontificat. Le roi Philippe favorisa l'élection de Bertrand de Goth, archevêque de Bordeaux, qui prit le nom de Clément V. Au lieu de se rendre à Rome. Clément V s'établit à Avignon. La papauté se mettait ainsi sous la main des rois de France en 1305.
Le nouveau Pape montra bientôt sa docilité; a la demande du roi Philippe le Bel, il supprima l'ordre des Templiers. Cet ordre militaire avait des bien considérables: sa puissance inquiétait le roi et ses biens le tentaient. Les Templiers avaient d'ailleurs très mauvaise réputation; on les accusait d'avoir perdu la pureté de la foi et d'être souillés de vices.
Philippe le Bel les fit arrêter tous le même jour, puis juger par des tribunaux ecclésiastique.
On les força par la torture à se reconnaître coupables des crimes qu'on leur imputait; quelques-uns se rétractèrent ensuite: ils furent brûlés; parmi ces malheureux le grand maître, Jacques de Molay, qui mourut héroïquement en 1314. Philippe le Bel a beaucoup contribué à former l'unité Française; car il a étendu le domaine royale, et a diminué le pouvoir des seigneurs. Il a fait une guerre acharnée à la féodalité. Mais il a employé la perfidie et la violence.