Charles IX, frère de François II, lui succéda. Charles IX était mineur. Sa mère, Catherine de Médicis, prit la régence. Princesse Italienne, elle se plaisait aux intrigues politiques, ou l'on excellait
dans les cours Italiennes du seizième siècle. A peu près indifférente en matière religieuse, elle voulait régner. Elle n'était ni pour les Bourbons, ni pour les Guises, mais elle se servit des divisions qui existaient dans le royaume, pour empêcher qu'un chef de parti fût jamais aussi puissant qu'elle. Elle fut pour son fils une conseillère funeste, car elle lui conseilla des crimes. Il faut pourtant lui rendre cette justice qu'elle essaya d'abord d'empêcher la guerre civile, en soutenant le chancelier Michel de l'Hôpital. Le chancelier de l'Hôpital, magistrat vénérable, était partisan de la tolérance religieuse. Il essaya de réconcilier les protestants et les catholiques, et convia les théologiens des deux partis à s'expliquer devant le jeune roi et le reine mère à Poissy, mais ils ne purent s'entendre en 1561.
Par un édit du mois de janvier 1562, il accorda aux protestants la liberté de célébrer leur culte dans les faubourgs, dans les villes et les campagnes, mais il ne réussit pas à calmer les passions qui s'échauffaient de plus en plus. En cette année 1562, le duc de Guise, passant à Wassy en champagne, entendit des protestants chanter des psaumes dans une grange qui leur servait d'église. Une rixe s'éleva. Soixante protestants furent tués, un grand nombre furent blessés. Le massacre de Wassy commença la guerre civile. L'événement le plus important fut la bataille de Dreux, ou Louis I de Bourbon prince de Condé fut pris et battu par Guise en 1562, mais l'année d'après, comme celui-ci assiégeait Orléans, un protestant le blessa mortellement. L'homme qui avait défendu Metz contre Charles-Quint et repris Calais aux Anglais mourut ainsi victime des discordes civiles. Catherine de Médicis fit signer la paix d'Amboise, qui dura quatre ans. Pendant ce temps, catholiques et protestants allèrent reprendre le Havre, que les protestants avaient livré aux Anglais. Car de part et d'autre, on appelait l'étranger: les protestants traitaient avec les Anglais, qui avaient embrassé la réforme, et les catholiques avec les Espagnols, dont le roi, Philippe II, était l'ennemi déclaré du protestantisme. Les deux partis étaient toujours prêts à reprendre les armes.
Une seconde guerre éclate en 1567, parce que les protestants essayent d'enlever le jeune roi Charles IX, une troisième en 1569, parce que Catherine de Médicis essaye d'enlever les chefs protestants. Dans celle-ci périt le prince de Condé, assassiné après la bataille de Jarnac, ou les protestants furent battus. Coligny, un de leurs chefs, répara cette défaite et obligea la cour à signer avec eux la paix de Saint-Germain en 1570. Cette paix accordait aux protestants de grands avantages. elle leur permettait d'entretenir des garnisons dans quatre villes qu'on appela des places de sûreté. Ce furent la Rochelle, Cognac, Montauban, la Charité. Il sembla que la réconciliation fût sincère. Les protestants vinrent en foule à la cour. Le jeune chef de la maison de Bourbon, Henri de Navarre y fut avec sa mère Jeanne d'Albret. Le roi Charles IX leur fit bon accueil. De nature faible et inconstante, intelligent mais passionné, allant tout à coup d'un extrême à l'autre, Il se prit d'un grand goût pour le protestant Coligny, qu'il fit amiral. Celui-ci s'efforça de l'enlever à l'influence de sa mère, il avait de vaste projets, il obtint de Charles IX la promesse d'une guerre contre Philippe II, le roi d'Espagne. Cette guerre devait se faire aux Pays-Bas, qui appartenaient alors à l'Espagne, et ou les protestants étaient persécutés avec fureur. Catherine de Médicis vit que son crédit était menacé: elle se rapprocha des Guises, et d'accord avec eux tenta de faire assassiner Coligny. L'amiral ne fut que blessé. Charles IX jura d'abord de le venger, mais sa mère, après une longue lutte, lui arracha son consentement à un second crime. Il ordonna que tous les protestants fussent massacrés dans la nuit de la Saint Barthélemy, du 24 au 25 août 1572. Un petit nombre seulement échappa à la mort. Ce forfait fut la cause de la quatrième guerre civile, bientôt terminée par la paix de la Rochelle. La paix de Saint-Germain fut confirmée, le forfait avait été inutile. L'année d'après en 1574, Charles IX mourut suite à une pneumonie tuberculeuse.